1457 ließ der Diplomat Petras Gedgaudas in Šiluva eine Kirche bauen. Von einer seiner Reisen nach Rom brachte er der Kirche ein Bild der Gottesmutter mit, die das Jesuskind auf dem Arm trägt. Dort wurde fortan die Gottesmutter verehrt.
Als Šiluva 1532 auf Druck des örtlichen Adligen Zabiela calvinistisch werden musste, verbarg der Gemeindepfarrer Jonas Holubka das Muttergottesbild, liturgische Geräte und wichtige Dokumente in einer eisernen Truhe, die er unter einem nahe gelegenen Felsen verbarg. 80 Jahre später war auch der letzte Katholik in Šiluva verstorben.
Aber dann ereignete sich in der nun völlig calvinistischen Umgebung ein Wunder. An einem Sommertag des Jahres 1608 erschien die Gottesmutter Hirtenkindern, die ihre Schafe außerhalb von Šiluva bei einem Felsen hüteten, wo Pfarrer Holubka vor 86 Jahren das Bild der Gottesmutter verborgen hatte, um es vor den calvinistischen Bilderstürmern zu bewahren. Der calvinistische Katechet Mikalojus Fiera und der calvinistische Lehrer Saliamonas Grocijus verboten den Kindern, über die Erscheinung zu reden. Sie aber berichteten Eltern und Nachbarn von der Erscheinung der weinenden Gottesmutter. Die Einwohner versammelten sich daraufhin bei dem Felsen, wo die Gottesmutter erschienen war. Als der Pastor erschien, um die „katholischen Machenschaften" zu unterbinden, wurde er selber Zeuge der Erscheinung der weinenden Gottesmutter, die genau so erschien, wie die Kinder es beschrieben hatten.
Die Einwohner von Šiluva und der Umgebung bekehrten sich daraufhin wieder zur katholischen Kirche. Diese Bekehrung war so gewaltig, dass 10 Tage später, am Fest Mariä Geburt, mehr als 11 000 Menschen die heilige Kommunion am Ort der Erscheinung empfingen. Auf die Vision eines 100-jährigen Blinden hin wurde unter dem Felsen die von Pfarrer Holubka 1532 verborgene Eisentruhe mit dem Bild der Muttergottes, den liturgischen Geräten und den Urkunden gefunden. Bald folgten die ersten Wunderheilungen.
Es erfolgte dann der Bau einer Kirche für das Gnadenbild, die mehrfach umgebaut und erweitert wurde. Am 17. August 1775 wurde die Marienerscheinung von Šiluva durch ein Dekret von Papst Pius VI. als authentisch anerkannt. 1903 wurde der damals berühmteste litauische Architekt Antanas Vivulskis mit dem Bau einer neuen Kapelle beauftragt. Sie wurde am 8. September 1924 eingeweiht und wird heute jährlich von mehr als 100 000 Pilgern besucht.