Wenn er nach Europa komme, freue er sich jedes Mal, die Flagge der Europäischen Union zu sehen, sagte O'Malley beim Gottesdienst zum Fest Patrona Bavariae in der Basilika Sankt Anna. Denn die zwölf Sterne auf blauem Untergrund seien einem Bild für die Gottesmutter aus der Apokalypse entnommen.So wache denn Maria in bester Weise über Europa.
O'Malley ist Mitglied des Kapuzinerordens und der einzige Kardinal aus diesem Orden. In Rom leitet er die päpstliche Kinderschutzkommission. Ordenseigenen Angaben zufolge leben in Altötting 32 Kapuziner und damit ein Viertel der deutschen Ordensprovinz. Der Altersdurchschnitt sei allerdings relativ hoch. Weltweit zählt der Orden bis zu 11.000 Mitglieder.