Seit 2009 ist Josef Winkler kirchenpolitischer Sprecher der Bundestagsfraktion Bündnis 90/ Die Grünen sowie Sprecher für Flüchtlingspolitik.
Der Grünen-Politiker bekennt sich zu einer Trennung von Kirche und Staat, wie sie im Grundgesetz geregelt ist. Allerdings mit dem Zusatz, dass die Kirchen und der Staat doch jede Menge miteinander zu tun haben. Einen konsequent säkularen Staat sieht er dagegen kritisch.