Längst haben Berichte von ehemaligen Mitgliedern über Repressionen und Missbauchsvorwürfe dieses Bild nachhaltig verändert. Mit der Bekanntgabe ihrer kirchenrechtlichen Auflösung durch den Münchner Kardinal Reinhard Marx wurde der Schlusspunkt gesetzt. Da war die KIG ihm aber längst zuvorgekommen. Denn der unter diesem Namen bisher existierende Verein hat gar keine Mitglieder mehr, in seiner weltlichen Rechtsform wurde er schon im Mai umbenannt.
Seit Februar 2019 sollte eine von Marx in Auftrag gegebene Untersuchung, eine sogenannte Visitation, Licht ins eigenwillige Gebaren der Gruppe bringen. Ausgangspunkt waren Klagen ehemaliger Mitglieder über geistlichen Missbrauch: In der Katholischen Integrierten Gemeinde sei ein System aus finanzieller und psychischer Abhängigkeit errichtet worden. Die Verantwortlichen der Gemeinde wiesen diese Vorwürfe zunächst als "böswillige Verleumdung" zurück, entzogen sich dann aber der Visitation, wie das Erzbistum nun seinerseits beklagt.
