27. September 2006: Auf Initiative des damaligen Bundesinnenministers Wolfgang Schäuble (CDU) tritt erstmals die Islamkonferenz im Schloss Charlottenburg in Berlin zusammen. Ziel ist die bessere religions- und gesellschaftspolitische Integration der rund vier Millionen Muslime in Deutschland. Schäuble betont zum Auftakt: "Der Islam ist Teil Deutschlands und Teil Europas, er ist Teil unserer Gegenwart und Teil unserer Zukunft."
An der Konferenz nehmen von staatlicher Seite 15 Vertreter aus Bund, Ländern und Kommunen teil, je ein Vertreter der Alevitischen Gemeinde Deutschland, der Türkisch-islamischen Union der Anstalt für Religion (Ditib), des Islamrats, des Zentralrats der Muslime und des Verbands Islamischer Kulturzentren (VIKZ) sowie zehn Persönlichkeiten mit muslimischem Hintergrund, darunter auch Islamkritiker. Die Auseinandersetzung um die Teilnehmer gehört zu den Dauerkonflikten, da die Verbände immer wieder einen Alleinvertretungsanspruch erheben.
2006 bis 2009: In der ersten Phase geht es bei der jährlichen Plenarsitzung vor allem um Grundsatzfragen im Verhältnis von Staat und Religion. Beim Thema "Deutsche Gesellschaftsordnung und Wertekonsens" stehen Fragen der Gleichberechtigung, der Familie oder der Säkularisierung zur Debatte. Ferner geht es um die Trennung von Kirche und Staat, religiöse Symbole und den Moschee-Bau sowie den deutschsprachigen Islamunterricht. Aber auch Bildung, Arbeitsmarkt und Medien werden thematisiert. Ein Gesprächskreis befasst sich mit "Sicherheit und Islamismus".
Die Arbeitsgruppe zum Verfassungsverständnis bekennt sich im Namen der Muslime ausdrücklich zur deutschen Rechts- und Werteordnung sowie zu Werten wie Toleranz, Respekt und Pluralismus.
Die DIK veröffentlich eine Reihe an Empfehlungen, unter anderen zum Moschee-Bau und zum Islamischen Religionsunterricht. Auf dieser Grundlage werden seit 2010 erstmals universitäre Zentren für Islamische Theologie eingerichtet. Das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge (BAMF) erstellt im Auftrag der DIK die Studie "Muslimisches Leben in Deutschland" - den Angaben nach die erste bundesweit repräsentative Erhebung zu muslimische Migranten aus 49 Herkunftsländern.
2010: Mit Bundesinnenminister Thomas de Maiziere (CDU) beginnt die zweite Phase der Islamkonferenz. Er will sich stärker auf die Lösung praktischer Probleme konzentrieren. Vier Projektgruppen befassen sich mit der Präventionsarbeit mit Jugendlichen, der Fortbildung von religiösem Personal, Rollenbildern in muslimischen Milieus und einer besseren Integration von Muslimen in den Arbeitsmarkt.
Die DIK veröffentlicht einen Leitfaden für die Ausbildung von Imamen und fördert islamisch-theologische Hochschulangebote sowie die Einführung eines islamischen Religionsunterrichts. De Maiziere schließt Milli Görus und den Islamrat wegen islamistischer Tendenzen von der Konferenz aus. Daraufhin nimmt auch der Zentralrat der Muslime in Deutschland nicht mehr teil.
2011-2013: Mit Hans-Peter Friedrich (CSU) als neuem Bundesinnenminister kommt es zu einer Krise. Friedrich distanziert sich von der Aussage des Bundespräsidenten Christian Wulff, "der Islam gehört inzwischen auch zu Deutschland". Friedrich will dies nur für hier lebende Muslime gelten lassen. Er fordert eine "Sicherheitspartnerschaft" zwischen Muslimen und Staat, um "Familien, Glaubensbrüder und Vereinskameraden" präventiv gegen islamistische Tendenzen im privaten Umfeld zu sensibilisieren.
Islamverbände kritisieren, dass Friedrich Sicherheit und Terrorismus zu sehr in den Vordergrund rücke. Sie fordern einen Neuanfang. Zugleich hält die Debatte um die Zusammensetzung der Konferenz an.
2014: Nach der Bundestagswahl übernimmt de Maiziere wieder das Amt des Bundesinnenministers. Mit der Auftaktsitzung vom 24. März 2014 beginnt die dritte Phase der Islamkonferenz. Extremismus und Sicherheit sollen zunächst keine Themen mehr sein. Stattdessen soll über religionsrechtliche und gesellschaftliche Teilhabe der Muslime diskutiert werden.
Statt des großen Plenums gibt es künftig ein Lenkungsgremium aus neun Vertretern von Bund, Ländern und Kommunen sowie den Repräsentanten der neun muslimischen Verbände. Der Islamrat sowie der Zentralrat der Muslime nehmen in der dritten Phase wieder an der DIK teil.
2015: Die DIK debattiert über die Gründung eines islamischen Wohlfahrtsverbandes und legt Empfehlungen vor. Demnach soll eine Koordinierungs- und Beratungsstelle "Wohlfahrt und Islam" eingerichtet werden. Ferner befasst sich der DIK mit der Flüchtlingshilfe.
2016: Arbeitsschwerpunkte sind neben der Wohlfahrt und der Flüchtlingshilfe die muslimische Seelsorge in öffentlichen Anstalten, wie die Militär-, Krankenhaus- und Gefängnisseelsorge. Hierzu soll im November eine große Fachkonferenz stattfinden.