Zwischen 2016 und 2021 war Ambros in der damaligen Bildungskongregation insbesondere für kirchliche Hochschulangelegenheiten aus dem deutschen Sprachraum zuständig, 2022 wurde der Niederbayer von Franziskus dort zum Konsultor ernannt.
Vor einem Jahr wurde der aus Freyung im Bayerischen Wald stammende Priester zudem zum Zweiten Kirchenanwalt an der Apostolischen Signatur ernannt. Das ist das höchste Gericht der katholischen Kirche. Dort arbeitet Ambros seit 2021. Zudem lehrt er seit 2020 an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom.