Die heutigen Mennoniten sind Nachfahren der Täufer-Bewegung, die auch als "linker Flügel" der Reformation gilt. Die Täufer setzten sich für radikalere soziale Reformen im Christentum ein, als etwa die Reformatoren Luther und Zwingli.
Die Mennoniten sind zudem eine der historischen Friedenskirchen, weil sie schon früh gegen jede Form von Krieg und Gewalt ihre Stimme erhoben. Kennzeichen der Gemeinden ist die Taufe von mündigen Menschen statt von Kleinkindern. Wenn eine Person in die Gemeinde eintritt, die als Kind getauft wurde, sei die Bekenntnistaufe jedoch keine Bedingung, heißt es in einer Stellungnahme. Der verbreitete Begriff "Wiedertäufer" wird von den Mennoniten als polemisch zurückgewiesen.
Die Mennoniten-Gemeinden lehnen kirchliche Ämterhierarchien ab, die Ortsgemeinde ist weitestgehend autonom. Zudem wird eine klare Trennung von Kirche und Staat befürwortet. Höchste Autorität ist die Bibel.
Radikale und fanatische Formen der Täufer-Bewegung hatten im 16. Jahrhundert zur Verfolgung der Anhänger geführt, die vielen Tausenden Menschen das Leben kostete. Viele mussten ihre Heimat verlassen. Im 16. Jahrhundert wurden die Täufer sowohl von den katholischen wie den evangelischen Landesherren verfolgt. 1527 heißt es etwa in einem Mandat bayrischer Herzöge, dass alle Wiedertäufer mit dem Tod zu bestrafen sind. "Wer widerruft, wird geköpft; wer nicht widerruft, wird verbrannt".
Dieses dunkle Kapitel der Kirchengeschichte ist auch Thema der Vollversammlung des Lutherischen Weltbundes (LWB) vom 20. bis 27. Juli in Stuttgart. Die Verfolgung der Täufer-Bewegung im 16. Jahrhundert war auch mit lutherischer Theologie gerechtfertigt worden. Für die erlittenen Grausamkeiten soll eine Bitte um Vergebung verabschiedet werden. Hintergrund ist der seit Jahren bestehende Dialog zwischen Mennoniten und Lutheranern.
Viele Mennoniten fanden in den zurückliegenden Jahrhunderten Zuflucht in den Niederlanden und in Westpreußen, nach dem Dreißigjährigen Krieg auch in Baden, Elsaß, Kurpfalz und Mähren. Nach 1683 setzte eine starke Auswanderung in die Vereinigten Staaten ein. Im 18. Jahrhundert gingen viele Mennoniten nach Russland, von wo ein großer Teil nach 1850 wiederum in die USA und nach Kanada auswanderte.
Weltweit hat die Freikirche nach eigenen Angaben mehr als eine Million Mitglieder. In Europa gibt es rund 62.000 mennonitische Christen, in Deutschland mehr als 30.000. Die Mennoniten gehören heute auf Weltebene dem internationalen Ökumenischen Rat der Kirchen (ÖRK) in Genf an, in Deutschland sind sie Mitglied der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK).