Naheliegend, dass man etwas Christliches dahinter vermutet und zur Hälfte stimmt das auch. Es hat etwas mit dem christlichen Gebet zu tun – aber, das verrät ja immer noch nicht, ob das jetzt etwas Nettes ist.
Fürbitte oder Buße?
Zum einen könnte man da jemanden mit einer Fürbitte in Gebete einschließen, das wäre nett. Zum anderen könnte man mit der Redewendung aber auch darauf hinweisen, dass jemand gemaßregelt werden muss. So im Sinne des Bußsakramentes, bei dem der Beichtvater zum einen für einen reuigen Sünder betet, ihm aber auch gleichzeitig ein Gebet oder anderes als Buße mit auf den Weg gibt. Das ist dann also eher ein Tadel.
Oder sozusagen ein Pferdefuß …
Wenn man im Bereich der Wortklauberei fischt, findet man Hinweise, dass es eigentlich "ins Gebett nehmen" heißen müsse. Das sei ein altes plattdeutsches Wort für "Gebiss". Gemeint ist damit die Gebissstange am Zaumzeug der Pferde. Die liegt hinter den letzten Zähnen des Pferdes im Maul und dient mittels Zügel dazu, das Tier zu lenken. Dann würde "jemanden ins Gebet nehmen" bedeuten, dass man ihn gefügig machen und lenken will. Vielleicht auch nicht so nett.
Interpretations-Vorteil
Das Praktische daran, wenn man nicht weiß, was etwas bedeuten soll, dann kann man sich das auswählen, was einem am besten gefällt. Zumal hier wissenschaftlich gar nichts erwiesen ist.