Die gebürtige Freiburgerin absolvierte nach dem Abitur ein freiwilliges soziales Jahr in der Kurseelsorge Büsum. Das Vorbild ihrer Religionslehrerin, ihr langjähriges Engagement in der kirchlichen Jugendarbeit und die Erfahrungen im FSJ weckten bei Anja Goller den Wunsch, Theologie zu studieren und zum Beruf zu machen.
Sie absolvierte ein Studium der Pädagogik an der Universität Köln mit dem Schwerpunkt Erwachsenenbildung und katholischer Theologie als Wahlpflichtfach, außerdem studierte sie an der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität in Bonn Alt-katholische Theologie. Ein Auslandssemester verbrachte sie an der Universität Bern.
2006 wurde Anja Goller zur Diakonin und 2008 zur Priesterin der alt-katholischen Kirche geweiht. Erste Station als Vikarin und Pfarrvikarin war die alt-katholische Gemeinde Frankfurt am Main. Seit 2011 ist Anja Goller wieder im Rheinland. Bis 2020 war sie Wissenschaftliche Mitarbeiterin am Alt-Katholischen Seminar der Universität Bonn und ist seit 2012 Dozentin für Religionspädagogik und Katechetik ebendort. Seit 2020 ist Anja Goller Generalvikarin des Bistums der Alt-Katholischen Kirche Deutschland und damit die erste Frau in dieser Position in der 150-jährigen Geschichte der alt-katholischen Kirche in Deutschland.
In ihrer Freizeit liest die Mutter von drei Kindern gerne, macht Musik und wandert.
