Am Morgen fliegt er mit dem Helikopter zunächst in den Geburtsort des Heiligen, Pietrelcina bei Benevento. Nach einstündigem Aufenthalt reist er weiter in den rund 130 Kilometer entfernten Wallfahrtsort San Giovanni Rotondo, wo der schon zu Lebzeiten als wundertätig verehrte Kapuzinerpater wirkte und begraben liegt. Hauptpunkte des Programms sind der Besuch einer Kinder-Krebsstation, ein Gebet vor den sterblichen Überresten Pater Pios und eine Messe unter freiem Himmel. Nach der Landung in Pietrelcina besucht Franziskus eine Kapelle mit dem Baum, unter dem Pater Pio vor 100 Jahren seine mysteriösen Wundmale Jesu empfing. Anschließend begrüßt er Gläubige. Nach kurzem Weiterflug erreicht Franziskus in San Giovanni Rotondo die von Pater Pio gegründete Klinik "Casa Sollievo della Sofferenza".
Dort segnet er wartende Kranke und besucht junge Krebspatienten in der Pädiatrischen Abteilung. Im Wallfahrtsheiligtum selbst trifft der Papst mit der Kapuzinergemeinschaft zusammen und verehrt den konservierten Leichnam von Pater Pio, der in einem Glassarg aufbewahrt wird. Danach feiert Franziskus eine Messe auf dem Vorplatz der modernen Pilgerkirche des Architekten Renzo Piano. Die Rückkehr des Papstes in den Vatikan ist für den frühen Nachmittag vorgesehen. Im Februar 2016 hatte Franziskus anlässlich des Heiligen Jahrs der Barmherzigkeit die Reliquie Pater Pios in den Petersdom bringen lassen. Hintergrund war das Wirken des Kapuziners zu Lebzeiten als Beichtvater und Seelenführer. Während der Aufbahrung in Rom kamen nach Kirchenangaben rund eine halbe Million Menschen, um den Volksheiligen zu sehen.
