In einem am Dienstag veröffentlichten Offenen Brief warf die AfD der evangelischen Bischöfin Ilse Junkermann und dem katholischen Bischof Ulrich Neymeyr "Diffamierungen und phrasenhafte Verkürzungen" ihrer Positionen vor.
Uneins sind die Partei und die Kirchen im Land derzeit vor allem über den geplanten Moscheebau in Erfurt-Marbach, hinter dem die Erfurter Ahmadiyya-Gemeinde steht. Das Projekt ist nach Auffassung der AfD eine "in Stein gehauene kulturelle Abgrenzung von unserer Leitkultur und unseren Traditionen". Die Kirchen verteidigen dagegen das Recht auch der Muslime zum Bau von Gotteshäusern.