Eine Neutralität, die sich mit keiner Religionsgemeinschaft identifizieren darf, lässt "gemeinsame Angelegenheiten" (res mixtae) entstehen. So dürfen etwa die Gemeinschaften mit "Körperschaftsstatus" Kirchensteuer (im Falle der jüdischen Gemeinden abweichend Kultussteuer genannt) erheben.
In der Praxis wird diese Steuer in den meisten Fällen von den staatlichen Finanzbehörden im Auftrag der Kirchen gegen Kostenersatz eingezogen sowie bei abhängig Beschäftigten als Quellensteuer durch die Arbeitgeber abgeführt. Christliche Feiertage sind aufgrund der Verfassung geschützt; der Religionsunterricht ist in fast allen Bundesländern an staatlichen Schulen ordentliches Lehrfach.
Ein wichtiger Rechtsgrundsatz in Deutschland ist, dass der Staat die Religionsgemeinschaften organisatorisch einbinden, ihnen aber nicht ihre Inhalte vorschreiben kann, weil der Staat die grundgesetzlich geschützte Religionsfreiheit (Art. 4, Absatz 1 und 2 Grundgesetz) beachten muss.
Zu kontroversen Debatten kommt es, wenn am Verhältnis von Staat und Kirche bzw. Religion etwas geändert wird. Religiöse Symbole im öffentlichen Raum sind teilweise zulässig, stoßen jedoch gelegentlich auf Ablehnung, wie es der Kruzifixstreit und der Kopftuchstreit zeigen.
Kritik am Verhältnis von Staat und Kirche in Deutschland gibt es seitens säkularer (z. B. Humanistische Union) und liberaler Kreise. Sie fordern eine Trennung von Staat und Religion im laizistischen Sinne und kritisieren, dass die christlichen Kirchen und andere Religionsgemeinschaften in Deutschland zu viel Einfluss hätten bzw. ihnen von Seiten der Politik zu viel Einfluss eingeräumt werde.