Der gebürtige Dortmunder wuchs in Bad Salzdetfurth bei Hildesheim auf. In der Jugendarbeit wurde André Habisch durch die Spiritualität der Fokolar-Bewegung inspiriert und machte bei internationalen Treffen Erfahrung mit der Weltkirche. Nach dem Abitur studierte er Theologie in Münster und Tübingen, wo er durch Peter Hünermann, Walter Kasper und Eberhard Jüngel geprägt wurde. Nach dem Prädikatsexamen in Tübingen begann Habisch mit dem Zweitstudium der Volkswirtschaftslehre, welches er in Berlin abschloss. 1993 erfolgte in Tübingen die Promotion in Theologie mit der Arbeit "Autorität und Moderne Kultur". Danach arbeitete André Habisch als Assistent in Ingolstadt und begann darauf mit einer externen Habilitation in Berlin, die er in Würzburg abschloss.
1998 erhielt er einen Ruf auf die Professur für Christliche Gesellschaftslehre an der Katholischen Universität Eichstätt-Ingolstadt. Seit 2006 ist Habisch Erstmitglied an der Wirtschaftswissenschaftlichen Fakultät und verantwortlich für den Magister-Studiengang "Entrepreneurship and Innovation". Der Diplom-Volkswirt und promovierte Theologe ist wissenschaftlicher Berater des Bundes Katholischer Unternehmer (BKU). Im Rahmen seines ehrenamtlichen Engagements gründete André Habisch zwei gemeinnützige Vereine. Einer davon entstand zusammen mit Studierenden während der Corona-Pandemie. www.wilink.de ist eine digitale Plattform zwischen Mittelschulen/ Gymnasien und mittelständischen Unternehmen, die der Verbesserung der Berufsorientierung an Schulen dient.
