Gegner des Wiederaufbaus haben bereits im Vorfeld des Wiederaufbaus «sichtbare Proteste» angekündigt. Das im Krieg schwer beschädigte Gotteshaus war 1968 auf Geheiß der DDR-Führung gesprengt worden.
Das Projekt ist in der Stadt umstritten: Die Gegner sehen in der Kirche eine Stätte des preußischen Militarismus, die am "Tag von Potsdam" auch den Nationalsozialisten den Weg geebnet habe. Damals hatte Reichspräsident Paul von Hindenburg dem Reichskanzler Adolf Hitler in der Kirche die Hand gegeben. Zudem richten sich die Proteste gegen den barocken Wiederaufbau von Potsdams historischer Mitte.