Vor der neuen kirchlichen Teilung von 1559 war das heutige Westflandern zwischen zwei Diözesen aufgeteilt: Der Bischof von Thérouanne regierte den westlichen Teil, der Bischof von Tournai den östlichen Teil.
Am 12. Mai 1559 gründete Papst Paul IV. das Bistum Brügge. Es umfasste den Norden von Westflandern, einen Teil von Ostflandern und einen Teil von Seeländisch-Flandern. Das restliche Gebiet Westflanderns gehörte zu drei Bistümern: Der Westen gehörte zum Bistum Ypern, die Region Kortrijk zu Tournai und die Region Tielt zu Gent.
Als Ergebnis des Konkordats zwischen Papst Pius VII. und Napoleon im Jahr 1801 wurden die Bistümer Ypern und Brügge aufgehoben und in das Bistum Gent eingegliedert, das den Départements Leie und Schelde entsprach. Die Diözese hatte drei Verwaltungsbezirke (Gent, Ypern, Brügge) und ein Priesterseminar in Gent.
Am 27. Mai 1834 wurde das Bistum Brügge durch die Bulle Romanae Ecclesiae von Papst Gregor XVI. mit der Provinz Westflandern als Territorium wiederhergestellt . Dieses Zusammentreffen kirchlicher und administrativer Grenzen war ein Erbe der französischen Zeit: Damals wurde die Aufteilung des Landes in Departements als Grundlage für die neue kirchliche Gliederung übernommen.
Da die ehemalige St. Donatian-Kathedrale inzwischen abgerissen worden war, wurde die Pfarrkirche St. Salvator und St. Eloi zur Bischofskirche erklärt. Der heilige Donatian und der selige Karl der Gute wurden die Schutzheiligen der Diözese.
Die Provinz Westflandern ist seit 1834 Eigentümerin des ehemaligen Priesterseminars und stellt das Gebäude dem Bischof zur Verfügung. Der Bischofssitz ist zugleich Sitz der Diözesanverwaltung.
Im Zuge der Aufklärung sexuellen Missbrauchs in der katholischen Kirche bot Bischof Roger Vangheluwe dem damaligen Papst Papst Benedikt XVI. seinen Rücktritt an. Gleichzeitig gab er zu, dass die gegen ihn erhobenen Vorwürfe wegen sexuellen Missbrauchs zutreffen. Nur eine Stunde danach nahm Benedikt XVI. das Rücktrittsgesuch an. Es ist das erste Rücktrittsgesuch eines Bischofs, das offiziell mit selbst begangenem Kindesmissbrauch begründet wurde. Am 14. April 2011 gestand Vangheluwe eine weitere Tatserie.
Geleitet wird das Bistum Brügge von Bischof Mgr. Lode Aerts. Lode Aerts wurde am 2. Oktober 1959 in Geraardsbergen in einer Familie mit sechs Kindern geboren. Er studierte am Großen Seminar in Gent und erwarb einen Bachelor-Abschluss in Philosophie und Literatur an der Katholischen Universität Leuven. 1988 verteidigte er seine Promotion in Bibelstudien an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom.
Bischof Lode Aerts, der 2016 zum Bischof von Brügge geweiht wurde, wählte als sein bischöfliches Motto eine Aussage aus Jesaja 43:4, auf Latein "pretiosus in oculis suis", was bedeutet: wertvoll in seinen Augen. Auf dem Wappen von Bischof Lode Aerts verweisen ein goldener Ring, eine silberne Perle und eine Wasserquelle auf das Motto: Kostbar in seinen Augen.
Wir sind in Gottes Augen unendlich wertvoll, betont Bischof Lode Aerts: "Jeder, ob gläubig oder nicht, vorbildlich oder nicht, jeder ist in Gottes Augen wertvoll. Das stammt aus Jesaja, einer Passage über ein Volk im Exil. Ein wenig vergleichbar mit der heutigen Situation. Eine Zeit der Krise, es gibt Angst und Unsicherheit. Und es gibt auch nicht mehr so viele Gläubige wie früher. Und genau in einem solchen Kontext sagt Gott, wie es uns der Prophet erzählt, dass sie in seinen Augen wertvoll sind." (Bistum Brügge)