Nach dem Zweiten Weltkrieg begann ein neues Nachdenken darüber, wie die christlichen Kirchen stärker zusammenwachsen und gemeinsam reden und handeln können. Ziel der ökumenischen Bewegung war es, die Kirchen "zu gemeinsamem Zeugnis und Dienst" zu vereinen. Während der DDR-Zeit getrennt, schlossen sich die Ost- und West-Arbeitsgemeinschaften im November 1991 bei einer gemeinsamen Tagung in Eisenach wieder zusammen.
Gründungsmitglieder waren fünf Kirchen, heute hat die ACK 17 Mitgliedskirchen und 4 Gastmitglieder. Vier ökumenische Organisationen haben Beobachterstatus. Die derzeit gültige Satzung der ACK trat am 1. Januar 2006 in Kraft.