Die Auseinandersetzung um die mazedonische Kirche wurzelt tief in der Geschichte. Als Bischofssitz reicht Ohrid in frühchristliche Zeit zurück, ging möglicherweise in der Völkerwanderungszeit unter und blühte ab Ende des 9. Jahrhunderts im Bulgarischen Reich wieder auf - als eines der wichtigsten Zentren des altkirchenslawischen Schrifttums. 976 erhob Zar Samuel die Erzeparchie von Ohrid zum Patriarchat.
Aber schon rund 50 Jahre später (1018) wurde das Bulgarische Reich wieder dem Oströmischen Reich eingegliedert; aus dem Patriarchat wurde eine "autokephale Erzeparchie". Nach dem Überfall der Lateiner auf Konstantinopel im Vierten Kreuzzug 1204 wurde Ohrid wieder bulgarisch, dann griechisch und schließlich serbisch.
Aufgrund ihrer Loyalität zu den inzwischen osmanischen Herrschern konnten die Erzbischöfe von Ohrid ihre Jurisdiktion im 16. Jahrhundert ausbauen. Bis zu ihrer Auflösung 1767 umfasste die Erzeparchie Ohrid nunmehr neun Metropolien und fünf Eparchien. Dann verfügten die osmanischen Machthaber die Auflösung der Erzeparchie; ihre Eparchien wurden dem Ökumenischen Patriarchat von Konstantinopel übergeben.
Als Reaktion formierte sich eine bulgarische Nationalbewegung, die nach kirchlicher Unabhängigkeit vom Phanar in Konstantinopel strebte. Im 19. Jahrhundert verschärfte sich der Konflikt, bis 1870 durch den Sultan eine eigene bulgarisch-orthodoxe Kirche unter einem Exarchen mit Sitz in Konstantinopel geschaffen wurde. Bis zu den Balkankriegen 1912/1913 umfasste das bulgarische Exarchat 23 Eparchien (Diözesen) in Bulgarien, Thrakien und Mazedonien.
Als der erste Exarch Antim I. 1872 die Unabhängigkeit vom Ökumenischen Patriarchat proklamierte, erklärte eine nach Konstantinopel einberufene orthodoxe Synode das Exarchat für schismatisch und bezichtigte es der Häresie des "Philetismus" (kirchlich verbrämter Nationalismus). Erst 1945 nahm das Ökumenische Patriarchat auf Druck der russisch-orthodoxen Kirche die Kirchengemeinschaft mit der bulgarisch-orthodoxen Kirche wieder auf.
Politisch stand in den schweren Auseinandersetzungen ("mazedonische Wirren") der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts und der ersten Jahre des 20. Jahrhunderts in dem damals noch osmanisch beherrschten Gebiet außer Frage, dass die slawischen Bewohner Mazedoniens Bulgaren seien. Im Zuge der Balkankriege wurde aber das nördliche Mazedonien serbisch, das südliche griechisch. Im März 1920 wurden die Bistümer in Vardar-Mazedonien vom ökumenischen Patriarchen an die serbische Kirche übergeben. Zu Bischöfen wurden bis in die 1940er Jahre hinein ausschließlich Serben berufen. (kna, 10.05.2022)