Das Treffen findet auf Einladung von Papst Franziskus statt und steht unter dem Thema "Amazonien - neue Wege für die Kirche und eine ganzheitliche Ökologie". Es handelt sich um eine sogenannte Spezialsynode für eine bestimmte Weltregion. Ähnliche Sonderversammlungen fanden 2010 für den Nahen Osten oder 2009 für Afrika statt.
Im Mittelpunkt stehen die Lage der Menschen im Amazonasgebiet und Herausforderungen für die katholische Kirche. Das Arbeitspapier der Synode legt Akzente auf die Probleme, die sich durch die Ausbeutung der Rohstoffvorkommen wie Holz, Erdöl, Gas und Edelmetalle und durch Monokulturen vor allem für die indigene Bevölkerung ergeben. Hierzu zählen Landkonflikte und Vertreibung sowie Umweltverschmutzung durch Bergbau und Rodung. Innerkirchliche Themen sind mehr Aufmerksamkeit für indigene Traditionen und die Seelsorge in dem riesigen und schwer zugänglichen Areal. Dabei sollen auch die Weihe verheirateter Familienväter, die Übertragung von Leitungsaufgaben an Laien und neue Ämter für Frauen diskutiert werden.
Die Synodenteilnehmer verabschieden in der letzten Sitzungswoche ein Schlussdokument, das dem Papst übergeben wird. Es steht ihm frei, dieses Papier zu veröffentlichen. Eine rechtliche Wirkung hat das Dokument nicht. Üblicherweise stützt sich der Papst aber darauf bei der Abfassung eines eigenen nachsynodalen Schreibens.