Seine Äußerungen wurden mehrmals in Zusammenhang mit Verschwörungsmythen gebracht, insbesondere seine Aussagen rund um die Corona-Pandemie.
Im Mai 2020 veröffentlichte Viganò einen Brief, in dem er davor warnt, dass die Pandemie dafür genutzt wird, eine neue Weltordnung zu errichten. Die Deutsche Bischofskonferenz distanzierte sich von Viganòs Thesen. Bischof Gebhard Fürst aus dem Bistum Rottenburg-Stuttgart schreibt, Viganò "spielt mit dem Feuer", wenn er an Verschwörungstheoretiker appelliert.
Essens Generalvikar Klaus Pfeffer bezeichnet Viganòs Äußerungen als "krude Verschwörungstheorien ohne Fakten und Belege, verbunden mit einer rechtspopulistischen Kampf-Rhetorik, die beängstigend klingt".
Im DOMRADIO.DE-Interview vermutet Vatikanjournalist Christopher Lamb hinter Viganòs Taktieren einen "Angriff auf den Heiligen Stuhl“. (
