St. Johannis gilt als die älteste Kirche von Mainz und eine der ältesten Kirchen in ganz Deutschland. Nach Angaben der Stadt Mainz handelt es sich bei der Kirche um den einzigen in seinem Raumgefüge erhaltenen Kirchenbau aus merowingischer Zeit in Deutschland, also aus dem 7. Jahrhundert. Bis in 16 Meter Höhe sind noch die ursprünglichen Mauern der merowingischen Basilika erhalten. Dies hätten jüngste Grabungen und Bauforschungen nachweisen können.
St. Johannis trägt den Beinamen "Alter Dom" und könnte der Vorgängerbau für den Mainzer Dom sein, dessen Errichtung unter Erzbischof Willigis (975-1011) vor dem Jahr 1000 begann - der genaue Zeitpunkt ist umstritten.
1828 wurde St. Johannis an die evangelische Gemeinde übereignet, worauf das Gebäude in einen evangelischen Gottesdienstraum umbaut wurde - mit Orgel, zentraler Kanzel und Emporen im Hauptschiff.
1942 traf die Kirche ein Luftangriff, sie brannte aus. St. Johannis wurde schließlich 1956 wieder eingeweiht, nach einem umfassenden Umbau durch den Architekten Karl Gruber. Seit 2013 wird die Baugeschichte eingehend erforscht. (kna/Stand 04.06.2019)