Adolfo Nicolas trat 1953 bei den Jesuiten ein und ging nach seinem Noviziat im spanischen Toledo als Missionar nach Japan. In Tokio wurde er 1967 zum Priester geweiht. Von 1968 bis 1971 kehrte er für seine theologische Doktorarbeit zurück nach Europa an die Universität Gregoriana in Rom. Anschließend erhielt er eine Professur für Systematische Theologie in Tokio.
Von 1978 bis 1984 war Nicolas Direktor des Pastoralinstituts von Manila; von 1993 bis 1999 leitete er die japanische Provinz seines Ordens. Seit 2004 war er Moderator der "Jesuit Conference of East Asia and Oceania". Im Januar 2008 wurde der Ordensmann in Rom zum 29. Nachfolger des Jesuiten-Gründers Ignatius von Loyola (1491-1556) gewählt.
Nicolas' Amtszeit war vor allem durch die Neustrukturierung des Ordens geprägt. Vor dem Hintergrund der rückläufigen Mitgliederzahl legte er Provinzen zusammen; eine Aufgabe, die Fingerspitzengefühl erforderte. Nicolas habe das "relativ geräuschlos" erledigt, hieß es aus den Reihen der Jesuiten.
Nach seinem Rücktritt 2016 war der ehemalige Generalobere erneut für das Pastoralinstitut in Manila tätig. Zuletzt wurde er wegen seines schlechten Gesundheitszustands auf die Krankenstation eines Ordenshauses in Tokio verlegt, wo er auch starb.
Die "Gesellschaft Jesu" hat derzeit nach eigenen Angaben weltweit rund 16.000 Mitglieder. Sie unterhält etliche Universitäten und Schulen, außerdem einen eigenen Flüchtlingsdienst. Zusätzlich zu den drei klassischen Ordensgelübden Armut, Ehelosigkeit und Gehorsam versprechen Jesuiten, dass sie sich vom Papst in die Pflicht nehmen lassen. Erstmals in der Geschichte ist mit Papst Franziskus seit 2013 ein Jesuit Oberhaupt der katholischen Kirche.
Der frühere Generalobere des Jesuitenordens starb im Alter von 84 Jahren in Tokio an den Folgen einer langwierigen Krankheit.
