1975 zum Priester geweiht, wurde Brugues im März 2000 von Papst Johannes Paul II. zum Bischof von Angers ernannt.
Benedikt XVI. berief ihn 2007 als Sekretär der Kongregation für das katholische Bildungswesen nach Rom. Dieser Ruf, so hieß es damals, habe verhindert, dass der Dominikaner in die Gelehrtengesellschaft der "Academie francaise" aufgenommen wurde. Zumindest war Brugues als Kandidat gehandelt worden.
Eine der bedeutendsten Bibliotheken weltweit
Nach fünf Jahren an der Bildungskongregation ernannte ihn Benedikt XVI. zum "Archivar und Bibliothekar der Heiligen Römischen Kirche", so der offizielle Titel für den Leiter der Vatikanischen Bibliothek.
Mit ihrem umfangreichen Bestand alter Handschriften und früher Drucke zählt die Vatikanbibliothek zu den bedeutendsten Bibliotheken der Welt. Kurz nach seiner Ernennung verriet Brugues in einem Interview, dass Kardinal Joseph Ratzinger vor seiner Papstwahl 2005 selbst gerne Chef von Vatikan-Bibliothek und -Archiv hatte werden wollen.
In Brugues' Amtszeit leitete die Vatikanische Bibliothek eine neue Phase der Digitalisierung ihrer Manuskripte ein. Dafür unterzeichnete der Franzose ein Abkommen mit einem japanischen Technologieunternehmen, das 3.000 Handschriften mit rund 1,5 Millionen Seiten scannen und im Internet zugänglich machen sollte.
Keine Kardinalswürde
Kurz darauf verstärkte die Vatikan-Bibliothek ihre kulturelle Zusammenarbeit mit der Volksrepublik China. So gab es 2017 eine gemeinsame Ausstellung alter chinesischer Manuskripte. Von denen lagern in der Vatikanischen Bibliothek 1.200 Schriftstücke aus den ersten Jahren der Qing-Dynastie (1644-1911). Der Vatikan drängte damals darauf, dass die Schriftstücke in Peking und anderen Universitätsstädten ausgestellt würden.
Anders als seine Vorgänger und sein Nachfolger erhielt Brugues nicht die mit dem Posten traditionell verbundene Kardinalswürde. Bei deren Vergabe fühlt sich Papst Franziskus weniger an Traditionen gebunden.
Im Juni 2018 wurde Brugues als Archivar und Bibliothekar abgelöst durch den portugiesischen Theologen und Schriftsteller Jose Tolentino Mendonca (57). Dieser war zuvor Vizerektor der Katholischen Universität Portugal mit Sitz in Lissabon.