Er wurde durch die Generalkongregation zum Nachfolger des zurückgetretenen Peter Hans Kolvenbach gewählt. Zuvor hatten Medien über ein angeblich gespanntes Verhältnis zwischen Nicolas und Benedikt XVI. berichtet.
Die Unterredung habe in einer "herzlichen und freundschaftlichen" Atmosphäre stattgefunden, hieß es nach dem Treffen bei den Jesuiten.
Benedikt XVI. habe den Orden ermutigt, seine Arbeit für den Dialog, im Bereich der Kultur und der Evangelisierung fortzusetzen und weiter für eine gründliche Ausbildung der jungen Jesuiten Sorge zu tragen.
Zugleich habe der Papst begrüßt, dass der Orden eine Studiengruppe eingesetzt habe, die seinen Brief an den zurückgetretenen Ordensgeneral Peter Hans Kolvenbach untersuchen wolle.
Der 72-jährige Nicolas lebte die vergangenen 46 Jahre in Japan und war zuletzt Leiter der Jesuiten-Konferenz für Ostasien und Ozeanien.
Vor Journalisten hatte der Spanier Behauptungen über Spannungen zwischen seinem Orden und dem Papst zurückgewiesen und eine persönliche theologische Distanz zu Joseph Ratzinger bestritten. Da er durch seinen Asienaufenthalt den europäischen Medien unbekannt sei, wolle man ihn in eine Schablone pressen.
Während der Audienz versicherte Nicolas dem Papst persönlichen Respekt und die Hochachtung des Ordens. Dabei überreichte er ihm ein Schreiben mit seinem Gehorsamsvotum, das ein Jesuitengeneral nach seiner Wahl traditionsgemäß dem Papst übermittelt.
Benedikt XVI. habe den Brief geöffnet und nach der Lektüre gesagt: "Das ist eine sehr gute Tradition", so die Mitteilung des Orden. Die Generalkongregation der Gesellschaft Jesu setzt nach der Wahl des Generaloberen ihre Beratungen in Rom fort, vermutlich noch für einige Wochen. Auf der Tagesordnung steht neben Fragen der Nachwuchsförderung, der Mission und der jesuitischen Identität auch das besondere Gehorsamsverständnis der Gesellschaft Jesu.