Er galt als herausragender Kenner fernöstlicher Religionen. 1951 trat er dem Jesuitenorden bei. Er studierte Philosophie in Pullach bei München und Theologie in Tokio, wo er 1963 die Priesterweihe empfing. Weitere Studien in Theologie und Religionsphilosophie absolvierte er in Kyoto, Rom und Münster.
Lehrstuhl in Bonn
Nach einer Doktorarbeit an der Päpstlichen Gregoriana-Universität in Rom habilitierte sich Waldenfels 1976 in Würzburg. Von 1977 bis 1997 lehrte er als Professor für Fundamentaltheologie, Theologie der nicht-christlichen Religionen und Religionsphilosophie in Bonn.
Zu seinen bekanntesten Veröffentlichungen gehören das von ihm herausgegebene "Lexikon der Religionen" und die "Kontextuelle Fundamentaltheologie". Der Titel umschreibt den theologischen Grundansatz von Waldenfels, wonach die christliche Glaubensverkündigung durch Orte und Zeiten bedingt ist, in denen sie stattfindet.