Demnach ging bereits im Oktober 2018 eine Anzeige wegen der sakramentalen "Lossprechung eines Mittäters" bei der Jesuitenzentrale in Rom ein. Dies ist laut dem Kirchenrecht eine sehr schwere Straftat.
Im Januar 2020 entschied ein Kirchengericht, dass dieser Straftatbestand vorliege und Rupnik deswegen exkommuniziert sei. Im Mai 2020 stellte die Römische Glaubenskongregation die Exkommunikation auch formal fest und hob sie - nachdem Rupnik die Tat bereut hatte - noch im selben Monat wieder auf. Wann und wo sich die ursprüngliche "Übertretung des Sechsten Gebots" ereignete und wann Rupnik seiner "Mittäterin" die Absolution für die gemeinsam begangene Sünde zusprach, teilte der Orden nicht mit.
Weitere Anschuldigungen
13 Monate nach der Aufhebung der Exkommunikation, im Juni 2021, trafen bei der Römischen Glaubenskongregation weitere Anschuldigungen gegen Rupnik von mehreren Ordensfrauen aus Slowenien ein. Dabei ging es offenbar um sexuelle Übergriffe in den 1990er Jahren. Der Jesuitengeneral verbot daraufhin Rupnik das Beichtehören sowie die geistliche Begleitung von Exerzitien.
Im Januar 2022 kam eine Voruntersuchung zu dem Ergebnis, dass die Anschuldigungen Bestand haben, die Glaubenskongregation übernahm den Fall. In demselben Monat empfing Papst Franziskus Rupnik in Audienz.
Vorwürfe verjährt
Im Oktober 2022 stellte die Glaubensbehörde fest, dass die Anschuldigungen aus Slowenien, wo Rupnik bis 1993 überwiegend lebte, verjährt seien. Ein Strafprozess wurde daher nicht in Gang gesetzt. Die gegen Rupnik verhängten Einschränkungen blieben jedoch als "Verwaltungsanordnungen" bestehen.
Die neuen Erklärungen des Ordens, über die am Dienstag mehrere italienische Medien berichteten, wurden vom Delegaten für die "provinzübergreifenden Niederlassungen", Pater Johan Verschueren, auf einer Homepage der römschen Jesuitenzentrale veröffentlicht.