Peter Birkhofer wurde 1964 in Immenstaad geboren. Er studierte Theologie in Freiburg und Rom. 1989 wurde er im Freiburger Priesterseminar in St. Peter zum Diakon geweiht, ,1991 in Konstanz zum Priester. Im Anschluss war er zunächst Vikar in St. Bernhard in Karlsruhe, dann in St. Jakobus in Hachingen. Im Anschluss promovierte er in Freiburg.
Von 1997 bis 2003 war er Mentor für Laientheologen an der Universität Freiburg. Er blieb in der Stadt und war in den folgenden sechs Jahren der Direktor des Zentrums für Berufungspastoral der Deutschen Bischofskonferenz, sowie Domkustos und Dompräbendar am Freiburger Münster. 2009 wurde er zum Ordinariatsrat ernannt, im darauf folgenden Jahr zum Domkapitular. Von da an war er auch der Leiter der Referate Liturgie und Ökumene im Erzbischöflichen Ordinariat Freiburg, ab 2013 zusätzlich Leiter des Referats Weltkirche.
2011 war er zuständig für die Organisationsstelle für den Besuch von Papst Benedikt XVI. in Freiburg. Später war er Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) in Baden-Württemberg (2015 bis 2018). Am 15. April 2018 erfolgte die Bischofsweihe durch Erzbischof Stephan Burger. Er wurde damit Weihbischof von Freiburg und Titularbischof von Villamagna in Tripolitana. Einen Tag später folgte die Ernennung zum Bischofsvikar für Weltkirche, Ökumene/religiöser Dialog sowie zum Dompropst an der Metropolitankirche Freiburg.
Weihbischof Birkhofer arbeitet seit März 2019 in der Unterkommission für Entwicklungsfragen (insbesondere Misereor) der Deutschen Bischofskonferenz mit. Außerdem ist er Botschafter der Klima-Kollekte und Bischofsvikar für Schöpfung und Umwelt. Er ist bei der Deutschen Bischofskonferenz Mitglied in den Kommissionen Weltkirche, Ökumene und Migration.
Sein Wahlspruch lautet "Radicati in Caritate" (Verwurzelt in der Liebe). Verwurzelt sein in der Liebe Gottes bringe zum Ausdruck, wie er in den Glauben hineingewachsen ist, wie der Glaube ihm immer wieder neu Kraft geschenkt hat und wie dieser Glaube ihm auf seinem bisherigen Lebensweg Halt gegeben hat, so Birkhofer. Dieser Glaube sei das Fundament für sein Leben und seinen bischöflichen Dienst.
