Nach Regierungsangaben hätten die Ex-FARC-Mitglieder versucht, Drogenrouten zu kontrollieren.
Präsident und Friedensnobelpreisträger Juan Manuel Santos gratulierte der Armee via Twitter zu ihrem Erfolg.
Erfolg gegen Ex-FARC-Angehörige
"Die Operationen gegen die Restgruppen in Arauca haben gute Resultate gebracht. Glückwunsch an die Armee und die Staatsanwaltschaft."
Kolumbien werde in der Wachsamkeit gegenüber diesen Kriminellen nicht nachlassen, so Santos weiter.
Vier Jahre Verhandlungen bis zum Friedensabkommen
Ende 2016 konnte sich die Santos-Regierung nach vierjährigen Verhandlungen auf ein Friedensabkommen mit der bis dahin größten Guerilla-Bewegung FARC verständigen. In dem jahrzehntelangen Konflikt zwischen Staat und Guerilla starben rund 300.000 Menschen; mehr als 7 Millionen wurden zu Binnenflüchtlingen.
Inzwischen hat sich die FARC offiziell entwaffnet und eine eigene politische Partei gegründet, die bei den Parlamentswahlen vor wenigen Monaten erstmals antrat, aber nur wenige Stimmen auf sich vereinigen konnte.
Trotzdem kaum verbesserte Lage
Von den ehemals rund 8.000 bewaffneten Kämpfern sollen sich etwa 1.000 Rebellen entschieden haben, den Friedensprozess nicht anzuerkennen und ihren Kampf fortzusetzen. Hilfswerke beklagen, dass sich die Lage für die Menschen vor allem in ländlichen Gebieten seit dem Friedensschluss kaum verbessert habe.