Er studierte Medizin und arbeitete elf Jahre lang als Arzt im Pariser Vorort Colombes. Erst mit 39 Jahren trat Aupetit ins Priesterseminar ein und wurde 1995 geweiht. Anschließend war er Seelsorger in verschiedenen Pariser Gemeinden. Zudem vertiefte er zwischen 1997 und 2006 sein Wissen über Bioethik am Uni-Krankenhaus in Creteil. 2006 wurde er zum Generalvikar in Paris und 2013 zum Weihbischof ernannt.
Spezialist für Bioethik-Fragen
2014 machte ihn Papst Franziskus zum Bischof von Nanterre im Westen von Paris. Zudem entwickelte sich Aupetit zum Spezialisten für Bioethik-Fragen. Er publizierte etwa Texte zu Embryo und Lebensende und war in der Bischofskonferenz aktiv im Ausschuss für Familie und Gesellschaft. 2018 wurde er überraschend zum neuen Pariser Erzbischof ernannt.
Kardinalshut bislang nicht erhalten
Aupetit interessierte sich auch für die Medien. Von 2014 bis 2017 war er etwa Präsident des religiösen Radiosenders Notre Dame. Den Kardinalshut, den die Erzbischöfe von Paris traditionell tragen, hat er von Papst Franziskus bislang nicht erhalten. Das liegt aber auch daran, dass sein Vorgänger, Kardinal Andre Vingt-Trois (78), noch nicht die Altersgrenze von 80 Jahren erreicht hat, mit der er sein Stimmrecht bei der Papstwahl verliert. Zwei Papstwähler aus einem Bistum sind nicht üblich.