In diese Zeit fielen die ersten schweren Erschütterungen der katholischen Kirche in Deutschland durch den Missbrauchsskandal am Canisius-Kolleg in Berlin 2010 und durch den Bauskandal um den damaligen Limburger Bischof Franz-Peter Tebartz-van Elst 2012/13. An der Planung und Durchführung der großen Deutschlandreise von Papst Benedikt XVI. im September 2011 war Perisset beteiligt.
Papst Franziskus nahm 2013 Perissets Rücktrittsgesuch an
Im ersten Jahr seiner Amtszeit nahm Papst Franziskus am 21. September 2013 das Rücktrittsgesuch des damals 74-jährigen Perisset aus Altersgründen an. Zugleich versetzte er den kroatischen Erzbischof Nicola Eterovic als neuen Nuntius nach Berlin. Zuvor war Eterovic (derzeit 73) Generalsekretär der Weltbischofssynode gewesen, die unter Franziskus zu einem neuen Instrument der Reform der katholischen Kirche werden sollte.
Der aus der französischsprachigen West-Schweiz stammende Perisset zog nach seinem Ausscheiden aus dem diplomatischen Dienst zurück in seinen Heimatort Estavayer-le-Lac am Neuenburger See.