Als Kölner Domorganist ist Winfried Bönig seit 2001 sowohl bei Gottesdiensten als auch Konzerten nahezu wöchentlich im Kölner Dom zu hören. Der in Musikwissenschaften promovierte Organist leitet als Professor für künstlerisches Orgelspiel und Improvisation seit 1998 den Studiengang "Katholische Kirchenmusik" an der Hochschule für Musik und Tanz Köln.
Seine künstlerische Tätigkeit begann Bönig in Memmingen, wo er von 1984 bis 1998 als Organist und Dirigent an der dortigen Hauptkirche St. Josef wirkte. Unter anderem spielte Bönig einen Zyklus der gesamten Orgelwerke Bachs in fünfzehn Konzerten. Für seine musikalische Arbeit wurde ihm 1995 der Kulturpreis der Stadt Memmingen verliehen. Konzerteinladungen führen ihn Jahr für Jahr in alle Welt; in letzter Zeit wurde er zu feierlichen Orgelweihen und Premieren u.a. nach China, Russland und Spanien eingeladen. Daneben ist er auch immer wieder als Dirigent tätig.