Bertram Meier wurde am 20. Juli 1960 in Buchloe im Ostallgäu geboren und wuchs in Kaufering in einem gemischtkonfessionellen Elternhaus auf. Er studierte Theologie in Augsburg und Rom. Am 10.10.1985 wurde er am Päpstlichen Kollegium Germanicum in Rom zum Priester geweiht.
Danach wirkte Meier im Augsburger Bistum unter anderem als Kaplan, Jugend- und Hochschulseelsorger, Stadtpfarrer, Dekan und Regionaldekan. 1989 wurde er mit einer Arbeit über den einstigen Regensburger Bischof Johann Michael Sailer an der Päpstlichen Universität Gregoriana in Rom promoviert.
Von 1996 bis 2002 leitete Meier die deutschsprachige Abteilung im Vatikanischen Staatssekretariat. Auf diözesaner Ebene trug er seit 2000 Verantwortung unter anderem als Domkapitular, Domdekan, Bischofsvikar für Ökumene und interreligiösen Dialog, stellvertretender Generalvikar und seit 2014 als Hauptabteilungsleiter für den Bereich des Bischöflichen Seelsorgeamts. Ferner ist Meier Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) in Bayern und nicht nur als solcher weithin für sein ökumenisches Engagement bekannt.
Papst Franziskus ernannte ihn am 29.01.2020 zum Bischof von Augsburg. Am 6. Juni 2020 wurde er durch Reinhard Kardinal Marx zum Bischof geweiht. Sein Wahlspruch lautet: VOX VERBI VAS GRATIAE – Stimme des Wortes – Schale der Gnade.
Er ist Vorsitzender der Kommission Weltkirche in der Deutschen Bischofskonferenz, ebenso Vorsitzender der Unterkommission für den Interreligiösen Dialog sowie Mitglied der Ökumenekommission.