Der 52-jährige Theologe stammt ursprünglich aus Niedersachsen. Von 2015 an war er knapp vier Jahre als Propst in leitender Stellung bei der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz (EKBO), also theologischer Leiter des Konsistoriums, der Obersten Verwaltungsbehörde der Landeskirche. Nach der eher glücklosen Friederike von Kirchbach gelang es Christian Stäblein, das Propstamt in der EKBO neu zu profilieren.
Christian Stäblein wurde am 5. April 2019 im zweiten Wahlgang von der Landessynode zum Nachfolger von Bischof Markus Dröge gewählt. Der bisherige Stellvertreter hat damit seinen Chef "beerbt".
Die von der Landeskirche eingeführte Trauung gleichgeschlechtlicher Paare oder die Debatte über die Zulassung von Kindern zum Abendmahl wären ohne die profunde theologische Arbeit des Propstes, der auch Mitglied der Synode der Evangelischen Kirche in Deutschland ist, nicht denkbar.
Ab dem 16. November 2019 wurde sein Büro von der dritten in die vierte Etage des Konsistoriums an der Berliner Georgenkirchstraße verlegt. Denn dort residiert seit den Zeiten Wolfgang Hubers der Bischof der EKBO.