Josef Schuster wurde am 20. März 1954 in der israelischen Hafenstadt Haifa geboren. Er kam als Kleinkind nach Unterfranken, wo seine Familie jahrhundertelang gelebt hatte. Sein Vater David stammte aus Bad Brückenau. 1938 zwangen die Nazis die Familie dazu, Deutschland zu verlassen, 1956 kehrten sie zurück nach Würzburg.
Josef Schuster studierte nach dem Abitur Medizin in Würzburg und ließ sich dort 1988 als Internist mit einer eigenen Praxis nieder, die der zweifache Vater bis 2020 führte. Er ist bis heute hin und wieder als Notarzt tätig.
David Schuster initiierte den Neubau der 1970 eingeweihten Würzburger Synagoge, Vorsitzender der Gemeinde war er von 1958 bis 1996. Seit 1998 ist Josef Schuster Vorsitzender der Israelitischen Kultusgemeinde Würzburg und Unterfranken und war maßgeblich am Bau des neuen Gemeindezentrums Shalom Europa rings um die Würzburger Synagoge verantwortlich.
2002 übernahm er das Amt als Präsident des Landesverbandes der Israelitischen Kultusgemeinden in Bayern. 2010 bis 2014 war er zunächst Vizepräsident, am 30. November 2014 wurde er zum Präsidenten des Zentralrats der Juden in Deutschland gewählt. Der Zentralrat ist die Spitzenorganisation der jüdischen Gemeinden in Deutschland. Die Gemeinden unter dem Dach des Zentralrats haben nach offiziellen Angaben rund 95.000 Mitglieder.
Außerdem ist Schuster Vizepräsident des World Jewish Congress und des European Jewish Congress. Seit 2020 ist er Mitglied im Deutschen Ethikrat.
