Peter Neher wurde 1955 in Pfronten-Ried im Allgäu geboren und wuchs auf dem Dorf in der Nähe von Memmingen auf. Er absolvierte zunächst eine Banklehre und den Wehrdienst, bevor er auf dem zweiten Bildungsweg Theologie studierte. 1983 wurde er zum katholischen Priester geweiht. Er arbeitete als Kaplan in Landsberg, war Krankenhaus-Seelsorger in Günzburg, wurde Pfarrer in Kempten und war in Augsburg in der Fortbildung von Priestern tätig. Seine Doktorarbeit schrieb er über christliche Sterbebegleitung.
Nach nur drei Jahren als Leiter des Caritasverbandes im Bistum Augsburg wurde Neher 2003 an die Spitze des Bundesverbandes gewählt und am 8. Juli 2003 in Freiburg in sein Amt eingeführt. Er sollte, so der damalige Vorsitzende der Deutschen Bischofskonferenz, Kardinal Karl Lehmann, den richtigen Weg finden "zwischen Barmherzigkeit und Ökonomie".
Neher kritisierte die Sozialkürzungen der frühen 2000er Jahre, zeigte sich aber zugleich offen für Reformen und trat auch für mehr Effizienz im eigenen Verband ein. 2007 wurde Neher von Papst Benedikt XVI. zum Prälaten ernannt.
In seinem Amt als Caritaspräsident, das er bis November 2021 inne hatte, unternahm Neher viele Auslandsreisen. Diese sensibilisierten ihn früh für die Klimakrise und ihre Folgen, vor allem für die Ärmsten und Schwächsten. In den letzten Jahren seiner Amtszeit warb er mit Nachdruck für eine sozial gerechte Klimapolitik und für die eigene Klimaneutralität der Caritas. Diese wurde 2020 als Ziel für das Jahr 2030 von der Delegiertenversammlung festgeschrieben.
