Nach seiner Kindheit in Riedern im Landkreis Waldshut studierte Gänswein in Freiburg und Rom Theologie. 1984 wurde er zum Priester geweiht. Nach seinen Kaplansjahren schickte ihn der damalige Freiburger Erzbischof Oskar Saier für eine Doktorarbeit im Kirchenrecht nach München, die er 1993 mit der Bestnote abschloss.
In Freiburg arbeitete Gänswein einige Monate als persönlicher Referent des Erzbischofs, bevor er an die Gottesdienst-Kongregation im Vatikan wechselte. 1996 kam er in die Glaubenskongregation und wurde 2003 Privatsekretär von deren Leiter Joseph Ratzinger. Dieser bestätigte ihn auch nach seiner Papstwahl 2005 als engsten Mitarbeiter.
Als Präfekt des Päpstlichen Hauses begleitet der 63-Jährige den Papst bei den wöchentlichen Generalaudienzen. Zudem koordiniert er die Privataudienzen, etwa mit Staatsgästen, und empfängt die Besucher im Apostolischen Palast. Mit dieser Aufgabe hatte Papst Benedikt XVI. seinen langjährigen Vertrauten im Dezember 2012 betraut. Franziskus bestätigte Gänswein in diesem Amt.
Nach dem Tod des ehemaligen Papstes erhielt Gänswein an Silvester 2022 von Papst Franziskus keine neue Aufgabe mehr in Rom. Er wurde nach Deutschland zurückgeschickt. Seit Juli 2023 ist er in seinem Heimatbistum Freiburg, bislang ohne dauerhafte Beschäftigung.
