Wolfgang Huber wuchs in Reit im Winkl auf. Nach seinem Abitur studierte er katholische Theologie in München und Paris. 1988 wurde er zum Diakon, im darauffolgenden Jahr in Freising zum Priester geweiht. Von 1989 bis 1991 war er Kaplan in der Pfarrei Königin des Friedens in München-Giesing.
Danach war er Präfekt am Erzbischöflichen Studienseminar in Traunstein und Religionslehrer am dortigen Annette-Kolb-Gymnasium. Von 1993 bis 2002 war er Regionalpfarrer der Seelsorgsregion München. In der Zeit wurde er auch zum Domvikar ernannt (1993).
Dompfarrer der Metropolitanpfarrei Zu Unserer Lieben Frau in München war er von 2002 bis 2014. Damals arbeitete er auch rund acht Jahre lang als Leiter des Referates für fremdsprachige Seelsorge. Seine Ernennung zum Ordinariatsrat war 2002 und die zum Monsignore im darauf folgenden Jahr. Seit 2004 ist er Domkapitular des Metropolitankapitels der Erzdiözese München und Freising.
Der Leiter des Referates Weltkirche war er von 2007 bis 2014. Danach wurde er der Präsident des päpstlichen Missionswerkes missio München für den Bereich der Freisinger Bischofskonferenz, was er bis heute ist. Darüber hinaus ist er Mitglied im Verwaltungsrat des Kindermissionswerkes und seit 2018 Vorstandsvorsitzender des Chinazentrums e.V.
Seine Lieblingsstelle in der Bibel ist sein Primizspruch (Ps 67, 2f.): "Gott sei uns gnädig und segne uns. Er lasse sein Angesicht über uns leuchten, damit auf Erden sein Weg erkannt wird und unter allen Völkern sein Heil."
Zu Hubers Hobbies zählen Skifahren, Schwimmen und Wandern; sein Lieblingsreiseland ist Frankreich. Wenn es die Zeit zulässt, kocht er auch gerne.
