Karl Jüsten wurde 1961 in Bad Honnef geboren und wuchs in Siegburg auf. Nach dem Abitur studierte er Katholische Theologie in Freiburg, Innsbruck und Bonn. 1986 wurde er zum Diakon geweiht, ein Jahr später folgte seine Priesterweihe. Danach war er einige Jahre Kaplan in Köln-Müngersdorf und Junkersdorf.
1990 wurde er zum Präfekten am Erzbischöflichen Priesterseminar in Köln. In den Kreis Euskirchen ging er von 1994 bis 1996 als Seelsorger. Er kehrte in die Domstadt zurück, als stellvertretender Hauptabteilungsleiter Seelsorge-Personal im Erzbistum Köln. 1999 promovierte er zum Thema "Ethik und Ethos der Demokratie".
Seit 2000 ist er der Leiter des Kommissariats der deutschen Bischöfe, kurz Katholisches Büro, in Berlin. Dabei handelt es sich um eine Dienststelle der Deutschen Bischofskonferenz und des Verbandes der Diözesen Deutschlands.